Los enlaces del blogroll seguramente no han desaparecido, pero se habrán quedado sin vinculación a una categoría. Lo que tienes que hacer es crear las correspondientes categorías de enlaces, y luego editar cada uno de ellos para vincularlo a la categoría en la que quieres que aparezcan.

Esto se puede hacer desde el backend de WordPress, pero también desde el PHPMyAdmin que seguramente tienes para gestionar la base de datos. En este último caso, las operaciones son más rápidas, pero hay que saber lo que se hace.